El máximo órgano del Partido Libertario entre congresos es el Comité Ejecutivo Federal (CEF), que está formado por un máximo de 21 personas, entre los que se encuentran el Presidente y el Secretario General. Cada Congreso elige al Presidente, al Secretario General, y al resto de miembros del CEF para el periodo correspondiente.
El CEF elige a los titulares de las diferentes secretarías, y puede elegir a un máximo de tres vicepresidentes. También puede elegir una Comisión Permanente en la que delegar funciones, formada por un mínimo de 5 y un máximo de 7 personas, entre las que estarán el Presidente, el Secretario General, y también el Vicepresidente Primero en caso de que el CEF haya designado dicho cargo.
Además, el CEF podrá designar órganos territoriales del partido donde considere oportuno, y pueden existir más departamentos de ámbito federal dependiendo de la estructura interna de cada secretaría.
