El máximo órgano del Partido Libertario entre congresos es el Comité Ejecutivo Federal (CEF), que está formado por un máximo de 15 personas.
La Comisión Permanente está formada por un máximo de 7 miembros del CEF, entre los que se encuentran el presidente y el secretario general.
El Congreso elige a los miembros de la Comisión Permanente, incluidos el Presidente, y el Secretario General, y al resto de miembros del CEF para el periodo correspondiente. El CEF elige a los titulares de las diferentes secretarías y además podrá designar órganos territoriales del partido donde considere oportuno. Pueden existir más departamentos de ámbito federal dependiendo de la estructura interna de cada secretaría o de las necesidades del momento.
